我科學(xué)家看清細(xì)胞中的特殊“剪刀”
發(fā)布時間:2021-02-04
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  把遺傳密碼中“無效”的內(nèi)含子“剪”出來,“有效”的外顯子“接”到一起的過程叫做RNA剪接,它是生命體解讀遺傳密碼的核心步驟。負(fù)責(zé)執(zhí)行這一步驟的就是細(xì)胞核內(nèi)復(fù)雜精密的分子機(jī)器——剪接體。

  ——萬蕊雪 西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院西湖學(xué)者

  記者從西湖大學(xué)獲悉,該校生命科學(xué)學(xué)院施一公教授研究組1月29日在《科學(xué)》雜志發(fā)表論文,首次報(bào)道了迄今整體研究知之甚少的次要剪接體的高分辨率三維結(jié)構(gòu),展示了在剪接反應(yīng)中的一個關(guān)鍵構(gòu)象——激活態(tài)次要剪接體,整體分辨率高達(dá)2.9埃(1埃為0.1納米)。

  此次研究突破,被視作RNA剪接領(lǐng)域一項(xiàng)里程碑式的工作,使施一公研究組成為世界上首個解析了次要剪接體高分辨率三維結(jié)構(gòu)的團(tuán)隊(duì)。施一公教授與西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院西湖學(xué)者萬蕊雪博士為論文的共同通訊作者;該學(xué)院博士后白蕊與萬蕊雪為本文的共同第一作者。
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  解讀遺傳信息的核心分子機(jī)器

  次要剪接體是什么?研究它有什么意義?

  簡單來說,剪接體是解讀遺傳信息的核心分子機(jī)器。

  “在高等生物中,一段又一段的遺傳信息藏在核酸分子中。其中,‘無效’的遺傳信息不具有翻譯功能,被稱為內(nèi)含子,而可以被核糖體翻譯的有效遺傳信息叫做外顯子。”萬蕊雪說。

  萬蕊雪介紹,把這些遺傳密碼中“無效”的內(nèi)含子“剪”出來,“有效”的外顯子“接”到一起的過程叫做RNA剪接,它是生命體解讀遺傳密碼的核心步驟。負(fù)責(zé)執(zhí)行這一步驟的就是細(xì)胞核內(nèi)復(fù)雜精密的分子機(jī)器——剪接體。

  剪掉誰,剪掉多長,什么時候剪,按照什么順序把外顯子拼接起來,每一個“操作”都可能改變細(xì)胞命運(yùn)。研究發(fā)現(xiàn),人類的遺傳疾病大約有35%都是因?yàn)榧艚赢惓T斐傻摹?/p>

  20世紀(jì)90年代,科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)一類非經(jīng)典的內(nèi)含子剪接序列,一種全新的剪接體開始進(jìn)入科學(xué)家的視野。

  在隨后的研究中,科學(xué)家們逐漸確定了這個全新剪接體的核酸組成,其中U11、U12、U4atac、U6atac四種新的snRNA參與該類內(nèi)含子的識別與剪接。由于這種非經(jīng)典的內(nèi)含子占比不足1%,該類內(nèi)含子被稱作稀有內(nèi)含子(或U12依賴型內(nèi)含子),催化該類內(nèi)含子剪接的這種全新剪接體被命名為——次要剪接體。

  “盡管由次要剪接體進(jìn)行剪接的稀有內(nèi)含子含量極低,但是這些基因卻與許多重要的細(xì)胞基本生命活動密切相關(guān)?!比f蕊雪說,許多人類疾病與次要剪接體和稀有內(nèi)含子有關(guān),例如生長激素缺乏癥、小腦共濟(jì)失調(diào)、骨髓增生異常綜合征等。然而,對于U12依賴型內(nèi)含子以及次要剪接體的研究卻發(fā)展緩慢,次要剪接體的蛋白組成、重塑調(diào)控等關(guān)鍵的科學(xué)問題,一直沒有答案。其中非常重要的一步——如何捕獲并純化次要剪接體,是相關(guān)研究面臨的一個巨大難題。
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  首次建立完整的次要剪接體捕獲與純化方法

  “在沒有任何次要剪接體的捕獲與純化等相關(guān)文獻(xiàn)的情況下,摸索并建立次要剪接體的捕獲與純化方法迫在眉睫?!卑兹镎f。

  施一公研究組的白蕊與萬蕊雪長期從事剪接體的純化與結(jié)構(gòu)研究工作,積累了大量剪接體結(jié)構(gòu)研究的經(jīng)驗(yàn)。

  在研究經(jīng)驗(yàn)基礎(chǔ)之上,結(jié)合次要剪接體識別位點(diǎn)的特異性,研究組首次設(shè)計(jì)出一條全新的U12依賴型pre-mRNA。通過改良前人的體外剪接反應(yīng)實(shí)驗(yàn)條件,成功地確定了該U12依賴型的pre-mRNA具有極高的特異性與剪接的高效性。

  “由于次要剪接體的含量極低,如何進(jìn)一步獲得性質(zhì)良好的次要剪接體樣品,成為了本次研究的一大難點(diǎn)?!卑兹镎f。

  白蕊和萬蕊雪在原有的剪接體純化基礎(chǔ)之上,進(jìn)一步探索與改良,最終首次建立起一套完整的次要剪接體捕獲與純化方法,成功獲得了處于激活態(tài)的次要剪接體的蛋白樣品,隨后利用單顆粒冷凍電鏡技術(shù)重構(gòu)出了世界上首個次要剪接體的冷凍電鏡結(jié)構(gòu),整體分辨率為2.9埃,并搭建了第一個次要剪接體的原子模型,其中包含4條RNA和45個蛋白。

  “作為首次揭示人源次要剪接體的結(jié)構(gòu)研究,本次建立的捕獲與純化次要剪接體的方法、鑒定的參與次要剪接體的組成的全新蛋白等,都將對U12依賴型的RNA剪接分子機(jī)理的研究產(chǎn)生重要影響?!卑兹镎f,未來,研究團(tuán)隊(duì)將聚焦次要剪接體研究領(lǐng)域,進(jìn)一步探究其分子機(jī)理、調(diào)控通路及功能意義等。(記者 劉園園)


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